充满好奇心、喜欢神秘事物的朝日奈未来，在初中二年级的春假遇见了魔法少女十六夜理子在奇迹与魔法的指引下，她与理子一起变身为传说中的魔法使“光之美少女”！ 未来珍爱的泰迪熊玩偶毛芙伦、以及从“波纹智慧书”中诞生的妖精花海言叶，也与她们携手合作，对抗威胁“魔法界”和“无魔法界”的混乱。但这一切也带来了离别的结局。 几年后，未来与伙伴们奇迹般地重逢，各自迈向了各自的未来。未来在无魔法界成为一名大学生，而理子则回到魔法界成为了魔法学校的老师。毛芙伦依然陪伴在未来身边，而言叶则成了从远处守护世界的存在。 然而，就在这时，魔法界和无魔法界中出现了新的灾难预兆…… 以新的威胁为契机，分别数月的未来与理子再次重逢。在击退神秘敌人的同时，她们也不得不直面自己的过去以及未来。 伴随着「Cure-up Rapapa！」的魔法咒语，这令人兴奋的冒险故事再次拉开序幕！
