时代设定在距离前作约20年后的西历2220年，大和号已经沉入了深海17年。但此时对人类来说最宝贵的地球却受到了前所未有的大危机，它将在半年后被不断向地球移动的黑洞卷入。这个黑洞有着300倍于太阳的质量，它巨大的重力影响下，连光线都能完全吸入，并迅速地向地球逼近。受此威胁，3亿地球人决定移民到距地球二万七千光年的星球。由地球联邦组织移民船队，准备搬到跑地球2万7千光年的恒星系阿玛尔居住。但却受到神秘的大舰队的攻击。导致第一次和第二次的船队都遭到毁灭。于是，古代进作为第三次移民团的护卫舰司令，乘坐着从冰冷的海水中浮出的大和号再度起航。 但是在遥远宇宙的彼方，为了阻止地球人的移民计划，星际国家联合的SUS舰队正伏击在前方……
